La moitié des échantillons de LA Covid-19 analysés montrent une variante mutante de la côte ouest – Crumpe


Les cas de Covid-19 et les hospitalisations ont chuté de 77% et 44% au cours du mois dernier, respectivement, ont déclaré lundi les responsables de la santé du comté de LA. C’est une excellente nouvelle pour la région la plus durement touchée du pays. La question demeure, cependant, si de nouvelles variantes du virus créeront une nouvelle vague.

La directrice de la santé publique du comté de Los Angeles, Barbara Ferrer, a déclaré lundi que «nous allons signaler plus tard dans la journée que nous avons maintenant 5 cas associés à la variante britannique.» Ce n’est pas beaucoup, mais la quantité de tests génomiques dans le comté pour identifier de nouvelles variantes est extrêmement faible par rapport au nombre de tests Covid livrés.

«Il est impossible que nous n’ayons pas [that] variante circulant ici », a déclaré Ferrer. On pense que la souche mutante UK est 30 à 50% plus transmissible. Selon un nouveau rapport, la variante britannique double sa prévalence parmi les cas identifiés tous les 9 à 10 jours.

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Quant à la variante sud-africaine, également plus transmissible et peut-être aussi résistante aux vaccins, «Supposons qu’elle soit ici», a déclaré Ferrer. Puis elle a laissé tomber la vraie bombe.

«Au moins 50% de nos échantillons ont montré cette variante de la côte ouest», a déclaré Ferrer, avant de se cacher que «des recherches supplémentaires doivent être effectuées.»

La semaine dernière, le plus haut responsable de la santé de Californie a révélé que plus de 1000 cas de la variante de la côte ouest avaient été découverts dans l’État. Le gouverneur de Californie, Gavin Newsom, a déclaré lundi que ce nombre était passé à 1 200. C’est une augmentation de 20% en moins d’une semaine.

De telles augmentations pourraient rendre l’effort de vaccination des résidents de Los Angeles encore plus critique. La région a considérablement intensifié son infrastructure de vaccination au cours des dernières semaines, mais un goulot d’étranglement dans l’approvisionnement en vaccins entrave l’effort.

Newsom a révélé lundi que 1,2 million de doses de vaccin devraient arriver dans l’État cette semaine. Mais seulement 540 000 d’entre eux seront des premières doses. «Nous devons voir plus de doses entrer dans l’État pour maintenir ces sites opérationnels», a déclaré Newsom.

Ferrer a déclaré que la situation de Los Angeles était encore plus désespérée. Pour le reste de cette semaine, sur les sites de vaccination du comté, elle a déclaré: «Tout ce que nous pouvons offrir, ce sont des rendez-vous pour la deuxième dose.» Dans un comté de 10 millions d’habitants avec de nouvelles variantes en circulation, c’est un problème.

Surnommées diversement B.1.429 et B.1.427, la West Coast Variant ou parfois appelée CAL.20C, les nouvelles souches sont encore un mystère.

Le Dr Charles Chiu, virologue et professeur de médecine de laboratoire à l’UCSF qui, de concert avec les autorités de l’État, a séquencé génétiquement des échantillons de test pour identifier de nouvelles variantes, a déclaré que les premières indications sont le CAL.20C pourrait être moins sensible aux vaccins actuellement approuvés, mais une enquête plus approfondie est nécessaire.

«Ce variant porte trois mutations, dont L452R, dans la protéine de pointe, que le virus utilise pour se fixer et pénétrer dans les cellules, et est la cible des deux vaccins actuellement disponibles aux États-Unis», a déclaré le Dr Chiu. Une mutation de protéine de pointe pourrait alors interférer avec l’efficacité du vaccin. Étant donné l’importance de cette protéine de pointe, L452R est un autre nom parfois utilisé pour les variantes de la côte ouest.

Interrogé sur la résistance aux vaccins, Ghaly s’est montré plus circonspect en disant: «Il ne sait pas exactement quel est son rôle exact pour rendre les gens plus malades ou son impact sur des choses comme le vaccin.

Les variantes de la côte ouest ont également été détectées dans les comtés de Los Angeles, Mono, Monterey, Orange, Riverside, San Francisco, San Bernardino, San Diego, San Luis Obispo, Humboldt et Lake. Étant donné que le séquençage génomique est rare, on ne sait actuellement pas exactement quelle est la prévalence du L452 à l’échelle de l’État, au niveau national ou mondial.

Le Dr Chiu a déclaré que le L452R est passé d’environ 3,8% des échantillons qu’il a testés de fin novembre 2020 à début décembre à plus de 25,2% de fin décembre à début janvier 2021.

Eric Vail, directeur de la pathologie moléculaire à Cedars-Sinai, a déclaré au New York Times que CAL.20C pourrait avoir joué un rôle dans la flambée de cas qui a submergé les hôpitaux du sud de la Californie au début du mois. «Je suis convaincu qu’il s’agit d’une souche plus infectieuse du virus», a déclaré le Dr Vail.

Les scientifiques sont préoccupés par le L452R, car il pourrait aider les coronavirus à adhérer aux cellules humaines et à les infecter plus facilement.

Le Dr Vail et d’autres chercheurs de l’État disent que les mutations L452 qu’ils ont trouvées étaient toujours aux côtés de quatre autres mutations spécifiques. Cet arrangement invariable était un signe fort d’une seule lignée «originaire» de Californie.

Les chercheurs des Cèdres ont découvert CAL.20C en juillet. Dans la mesure où des tests génétiques limités ont pu détecter, la variante n’est pas réapparue dans le sud de la Californie avant octobre. À l’époque, cela ne semblait pas répandu.

En décembre, cependant, 36% des échantillons de virus provenant de patients de Cedars-Sinai ont été identifiés comme CAL2.0C. La variante représentait également près d’un quart de tous les échantillons du sud de la Californie. Mais encore une fois, le nombre d’échantillons testés est minuscule à côté du nombre total de tests Covid quotidiens.

Début janvier, l’État avait administré plus de 30 millions de tests Covid-19. Sur ces dizaines de millions, seulement 7 000 environ avaient été analysés génomiquement, selon le San Jose Mercury News. Il faut dire que la nation dans son ensemble est terriblement en retard dans de telles analyses. Mais la Californie – et en particulier Los Angeles – est l’épicentre mondial de la pandémie. Le besoin est ici plus aigu. Mais ces tests coûtent cher.

Le comté de Los Angeles n’analyse génomiquement que quelques dizaines d’échantillons par jour, il est donc difficile de le savoir. C’est sur une moyenne de 81 000 tests par jour. (Les responsables de la santé disent qu’ils signalent les échantillons les plus suspects pour un examen génomique, ce qui semble augmenter la probabilité de découvrir des mutations.)



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