Les marques épigénétiques influencent le moment et la manière dont les gènes sont activés ou désactivés. Ils peuvent également indiquer aux cellules comment interpréter et utiliser les informations génétiques, influençant ainsi divers processus cellulaires. Les modifications des marques épigénétiques ont donc un impact significatif sur la régulation des gènes et les fonctions cellulaires, ce qui signifie qu'elles pourraient contribuer à la maladie. En étudiant les marques épigénétiques, les chercheurs peuvent clarifier leur rôle dans la santé et la maladie et potentiellement découvrir de nouvelles voies de traitement.

Même si les chercheurs peuvent identifier et comparer les marques épigénétiques, il reste difficile de comprendre la corrélation entre des modifications spécifiques et le fonctionnement des gènes. Pour aider à surmonter ce problème, le Dr Dan Ohtan Wang et le Dr Kandarp Joshi ont créé un nouvel outil appelé epidecodeR. L'outil convivial, publié dans Briefings en bioinformatique, permet aux biologistes de vérifier rapidement si une modification affecte la façon dont un gène réagit dans des situations spécifiques.

« Si une corrélation positive est trouvée, cela pourrait motiver les scientifiques à confirmer les résultats, les aidant ainsi à comprendre le rôle de ces modifications génétiques dans diverses conditions, notamment le cancer et les troubles neurologiques », explique Joshi, chercheur à l'Institut pour le matériel cellulaire intégré. Sciences (iCeMS).

L’équipe a utilisé des méthodes statistiques pour classer les groupes de gènes en fonction du nombre de modifications qu’ils présentaient. Ils ont montré qu'EpidecodeR peut prédire le rôle de modifications spécifiques, telles que l'altération de certaines protéines ou l'utilisation de médicaments, et comment celles-ci pourraient avoir un impact sur l'activité des gènes.

« Nous avons utilisé epidecodeR pour prédire avec succès comment une protéine appelée histone désacétylase affecte l'activité des gènes », explique Wang, professeur invité à l'iCeMS qui a dirigé l'étude. « Nous avons également constaté qu'epidecodeR était efficace pour identifier les substances susceptibles de bloquer une autre protéine, appelée ARN déméthylase, et nous avons exploré comment les modifications apportées aux protéines appelées histones pourraient être liées à l'abus de drogues. »

Les chercheurs prévoient de mener d’autres études pour améliorer l’exactitude et la spécificité de l’épidecodeR. « Nous souhaitons inclure plus de détails sur où, comment et combien de modifications se produisent dans les gènes », explique Joshi. « À mesure que les données deviennent plus complexes, nous visons également à fournir aux utilisateurs divers tests statistiques pour améliorer les capacités de l'outil. »